丹生島城・亀城とも呼ばれていた城跡です。キリシタン大名として有名な大友宗麟の居城だったため、石垣にはアルファベットの様な文字が刻まれ、城内には礼拝所が、城下にはキリシタンの修練所があったそうです。築城当時は丹生島と呼ばれる孤島上の城郭で、周囲の海が天然の要害となり、堅固な守りを誇っていました。大友氏以降、福原直高、太田一吉が城主を務めたのち、慶長5年（1600年）からは、美濃から入封した稲葉氏が廃藩置県まで15代にわたってこの城を居城とし臼杵藩の支配にあたっていました。廃藩置県後、明治6年（1873年）に臼杵城は廃城と決定され取り壊されました。その後、本丸、二の丸は公園地に指定され、現在は2つの櫓と書院の庭園の一部、石垣などを残すだけで、臼杵公園として市民の憩いの場となっています。春はサクラの名所としても有名です。