別府と大分の観光をもっと楽しくハッピーに！

単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅になっている。
ほかに留置線が設置されている。
旧駅舎は開業時に建築された木造駅舎であったが、駅周辺の整備事業に伴って駅前広場を拡張するため駅舎を移転させる必要が生じ、バリアフリーの観点から橋上駅舎に建替えられ、改札口は2階に設けられている。
その後、2011年にはエレベーター付きで東西を結ぶ自由通路が開通、2012年に駅前広場が完成して一連の事業が完了した。
JR九州鉄道営業が駅業務を遂行する業務委託駅で、みどりの窓口が設置されている。
ICカードSUGOCAのエリア内であり、SUGOCA定期券の発売も行っている。

大分県の県庁所在地である大分市の代表駅である。当駅を経由する全列車が停車する。日豊本線、久大本線、豊肥本線の計3路線が乗り入れており、このうち日豊本線を所属線としている。

日豊本線は、起点の小倉駅から当駅までは、日出駅 – 杵築駅間、中山香駅 – 立石駅間を除き複線化されているが、当駅以南は終点の鹿児島駅まで全線単線となる。当駅は、当駅以北で運行される特急「ソニック」と、当駅以南で運行される特急「にちりん」（一部当駅を跨いで運行する列車もある）の接続駅となっており、普通列車も当駅で折り返すものが多い。

久大本線は当駅を終点としている。豊肥本線は当駅を起点としているが、列車運行上では当駅に到着する列車が下り、当駅を発車する列車が上りとして扱われている。

当駅は、最終列車の発車時刻が全3路線、4方向ともに同時刻の23時40分とされている。

2011年11月には開業100周年を迎えた。

暘谷駅（ようこくえき）は、大分県速見郡日出町字佐尾にある、九州旅客鉄道（JR九州）日豊本線の駅である。

別府の海の玄関となっています。大分の焼酎・お酒や豊後水道が育んだ関アジなどの魚の加工品、大分銘菓、かぼすこしょう醤油や味噌、柚子こしょうなどをはじめ九州各県のお土産が揃うお土産コーナー、大分を代表する郷土料理「だんご汁」などが食べられる海に面した風光明媚なレストラン、全国一を誇る別府の竹工芸の文化が体験出来る竹未来館などがあります。

別府温泉として全国的に知られる別府市の代表駅で全列車が停車する。特急「ゆふ」、「ゆふいんの森」、「九州横断特急」が当駅始発・終着で運転されている。
2003年・2004年に「ソニック」と「にちりん」の系統分割が行われた際、「にちりん」はほとんどの列車が当駅始発・終着となり、当駅は大分駅と共に「ソニック」と「にちりん」の接続駅として位置づけられたが、2009年以降「にちりん」は大分駅発着への変更が進み、2012年3月17日のダイヤ改正によって当駅始発・終着の「にちりん」の設定はなくなった。
みどりの窓口が設置されており、中央口に自動改札機が導入されている。自動放送・楽チャリ設置駅である。駅構内に別府外国人観光客案内所（ビジット・ジャパン案内所）がある。

別府―大阪を結ぶさんふらわあ。USJへのアクセスもよくたいへん便利です。

別府市と四国愛媛を結ぶ宇和島運輸。約３時間で四国の旅が待っています。あかつき丸は最新の機種で、バリアフリー設備を備えた快適な船です。

大分―神戸を結ぶさんふらわあ。夕方発で、目を覚ませばそこは神戸。グループで、個人出張で、幅広くご利用いただけます。

買取・中古販売中心ですが、福祉車両のレンタルもおこなっています。

由布院駅（ゆふいんえき）は、大分県由布市湯布院町川北にある、九州旅客鉄道（JR九州）久大本線の駅である。

由布院温泉などの観光地を擁する由布院地区の拠点となる駅で、由布市で乗降人員が最も多い駅であり、特急「ゆふ」・「ゆふいんの森」を含め全列車が停車する。運行上の要衝でもあり、当駅を始発・終着とする列車も特急の一部を含め多く設定されている。野矢駅方面から線路は北東の方向に進んできたが、当駅の前後から向きを180度変え、今度は南西の方向に進みはじめる。