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大分県の県庁所在地である大分市の代表駅である。当駅を経由する全列車が停車する。日豊本線、久大本線、豊肥本線の計3路線が乗り入れており、このうち日豊本線を所属線としている。日豊本線は、起点の小倉駅から当駅までは、日出駅 – 杵築駅間、中山香駅 – 立石駅間を除き複線化されているが、当駅以南は終点の鹿児島駅まで全線単線となる。当駅は、当駅以北で運行される特急「ソニック」と、当駅以南で運行される特急「にちりん」(一部当駅を跨いで運行する列車もある)の接続駅となっており、普通列車も当駅で折り返すものが多い。久大本線は当駅を終点としている。豊肥本線は当駅を起点としているが、列車運行上では当駅に到着する列車が下り、当駅を発車する列車が上りとして扱われている。当駅は、最終列車の発車時刻が全3路線、4方向ともに同時刻の23時40分とされている。2011年11月には開業100周年を迎えた。
別府温泉として全国的に知られる別府市の代表駅で全列車が停車する。特急「ゆふ」、「ゆふいんの森」、「九州横断特急」が当駅始発・終着で運転されている。2003年・2004年に「ソニック」と「にちりん」の系統分割が行われた際、「にちりん」はほとんどの列車が当駅始発・終着となり、当駅は大分駅と共に「ソニック」と「にちりん」の接続駅として位置づけられたが、2009年以降「にちりん」は大分駅発着への変更が進み、2012年3月17日のダイヤ改正によって当駅始発・終着の「にちりん」の設定はなくなった。みどりの窓口が設置されており、中央口に自動改札機が導入されている。自動放送・楽チャリ設置駅である。駅構内に別府外国人観光客案内所(ビジット・ジャパン案内所)がある。
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